基本PCR運行可以分為三個階段：指數期、線性期和平臺期，熒光定量PCR儀主要是在發生PCR擴增時進行測量。一般為定量，因為在PCR的指數（對數）期內采集數據，在此期間PCR產物的數量與核酸模板的量成正比。

　　熒光定量PCR儀的應用十分廣泛，可以進行基因表達定量、芯片驗證、病原體檢測、SNP基因分型、拷貝數變異、microRNA分析、病毒定量、siRNA/RNAi實驗多種方向的研究測量。
 

　　1、提高檢測的動態范圍

　　2、無需PCR后處理

　　3、檢測能夠覆蓋低至2倍的變化

　　4、在PCR的指數期內采集數據

　　5、報告基團熒光信號的增加與生成的擴增子數量成正比

　　6、裂解探針提供擴增子的裂解記錄

　　熒光定量PCR儀集中于指數期，因為它可提供更加精確的數據進行定量。在指數期內，實時計算兩個數值。閾值線是反應的熒光強度超過背景時的檢測水平。樣品達到此水平的PCR循環稱為循環閾值(Ct)。Ct值用于下游定量或存在/缺失檢測。通過比較未知濃度的樣品與一系列標準品的Ct值，可以精確測定未知反應中的模板DNA數量。